Kurikulum Progam Studi Magister Fisika sudah mengaplikasikan Kurikulum Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia atau lebih dikenal dengan sebutan KKNI. Pengembangan ini didasarkan pada UU No. 12 tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, Perpres No. 8 tahun 2012 tentang KKNI, dan Permendikbud No. 73 tahun 2014 tentang Penerapan KKNI Bidang Pendidikan Tinggi. Kurikulum Progam studi Magister Fisika yang berlaku saat ini, mulai Semester Genap Tahun Akademik 2016/2017. Struktur kurikulum tersebut merupakan revisi dari kurikulum pada saat berdirinya Prodi Magister Fisika September 2016.